Visi
Terwujudnya masyarakat Kabupaten Jayapura yang taat beragama, rukun, cerdas, dan sejahtera lahir dan batin.
Dalam rangka mewujudkan Indonesia yang berdaulat, Mandiri dan Berkepribadian berlandaskan Gotong royong.
Misi
- Meningkatan kualitas pemahaman dan pengamalan ajaran agama dalam kehidupan sehari-hari;
- Memantapkan kerukunan intra dan antar umat beragama;
- Menyediakan pelayanan kehidupan beragama yang merata dan berkualitas;
- Meningkatan pemanfaatan dan kualitas pengelolaan potensi ekonomi keagamaan;
- Meweujudkan penyelenggaraan ibadah Haji dan Umrah yang berkualitas dan akuntabel;
- Meningkatkan akses kualitas pendidikan umum berciri agama, pendidikan agama pada satuan pendidikan umum, dan pendidikan keagamaan;
- Mewujudkan tatakelola pemerintahan yang bersih, akuntabel dan terpercaya.